肛周脓肿最佳的治疗方法就是手术治疗。
要想彻底的治愈肛周脓肿，只有通过手术治疗，而最佳的手术方式就是采取肛周脓肿一次性根治术。这种手术方式可以避免形成肛瘘而需要二期手术，减少患者身体创伤以及减轻经济负担。手术时需要准确的找到脓肿内口，并将内口切开或者挂线，使其重新愈合，就可以达到一次性根治肛周脓肿的目的。
而有少部分的患者在手术时无法准确的找到内口，就不建议强行的做一次性根治手术，而应该先行切开引流，待二期形成肛瘘，3个月后再行根治性切除手术。