肛周脓肿分为：非瘘管性肛周脓肿和瘘管性肛周脓肿。非瘘管性肛周脓肿的病情比较简单，因为其不与肛内相通，只是单纯的在肛周皮肤上出现一个脓肿，比较好的治疗方法是先进行抗感染治疗。
在成脓后再将脓肿切开引流，术后每日进行清创换药，很快就会愈合。瘘管性肛周脓肿的病情就比较复杂，因为脓腔与肛内相通，肛内的内口如果不处理好，感染会反复发作，脓肿也会反复出现。
抗感染等保守治疗对瘘管性肛周脓肿，只能缓解感染症状，而不能将其根治。所以针对瘘管性肛周脓肿，最好的治疗方法还是手术治疗。