月经期间头痛和雌激素波动有关，通常表现偏头痛发作。偏头痛发作有外因及内部因素：内因与内分泌相关，外因主要与睡眠不足、精神紧张、过度疲劳、情绪焦虑、月经期甚至食用某些食物有关。
偏头痛好发于月经前或月经期，而月经期应保证足够的睡眠、避免情绪紧张，必要时可以服用止痛药缓解头痛的发作。
这种与月经期相关的头痛在妊娠后及绝经后头痛会逐渐停止或减轻，因为此时雌激素水平已经下降，故而头痛也能得到相应的缓解。