尿道旁腺囊肿的治疗与囊肿的严重程度有关。
如果囊肿较小引起的临床症状较轻，对排尿也没有造成影响，一般不需要进行特殊治疗。患者应当加强对囊肿部位的护理，注意卫生，避免过度挤压，可能会逐渐地自愈。
如果囊肿逐渐增大，引起了疼痛，也对排尿造成了影响，应当确定是否存在感染。如果存在感染，应当进行抗感染治疗，在将感染控制住后还要进行手术治疗，通过手术将囊肿完全切除，在切除后还需进行清创缝合处理。在术后1~2周左右能够完全康复，一般不会造成不良影响。