无痛胃镜检查是全麻。当注入全麻药物后，患者通常在1~3分钟内会入睡，处于无意识的状态，对疼痛以及其他反射都消失。
一些年龄过大、自身心肺功能较差的患者以及有其他麻醉禁忌证的患者，不宜做无痛胃镜，可能会出现呼吸骤停、心律失常等现象，医生在给患者检查前要做好评估。
无痛胃镜检查可以减少咽喉的不适感，避免患者不配合从而引起恶心、呕吐，导致胃及食管黏膜损伤的现象，很适合对咽反射十分敏感的人群。
由于麻醉也需要费用，相对普通胃镜检查，价格会昂贵一些。