真菌性角膜溃疡的症状是起病缓慢，刺激症状比较轻。在受伤后数天内出现角膜溃疡，眼部刺激症状明显加重，眼痛伴有视物模糊、视力下降。
角膜溃疡形态与真菌菌丝的生长方式有关。典型的溃疡浸润呈灰白色或乳白色，表面粗糙致密，略高出平面，基质浸润致密，溃疡边缘稍隆起，可出现菌丝苔被、菌丝灶、卫星灶、伪足、反应环、分界沟、内皮斑，常伴有严重的虹膜睫状体反应。
一般的病例出现前房积脓、脓液粘稠、不易移动，角膜后有糊状、米粥状的KP。另一些溃疡则以浸润为主，溃疡表面不隆起，病变很快累及角膜全层，同时合并有大量前房积脓。