国内的2价HPV疫苗与香港9价疫苗的区别在于预防的类型不同。
国内的二价疫苗是预防高危病毒HPV16、18型，香港9价疫苗预防的类型范围大，可以预防HPV6、11、16、18、31、33、45、52及58病毒亚型，两种疫苗包括的病毒亚型不同，注射的疫苗的年龄也不一样，二价疫苗注射年龄段在9~45岁之间，九价HPV疫苗注射年龄在16~26岁。
二价疫苗主要是预防宫颈癌的发生，九价疫苗除了预防宫颈癌之外，对外阴癌或是阴道癌、生殖器疣等都有作用，价格上二价的要低，九价疫苗高。