新型冠状病毒肺炎以发热、乏力、干咳等为主要表现，并会出现肺炎。但早期肺炎可能不发热，仅有畏寒和呼吸道感染症状，但CT会显示有肺炎现象。流感以高热、咳嗽、咽痛及肌肉疼痛等为主要表现，有时也可引起肺炎，但不常见。
新型冠状病毒肺炎和流感的区分，主要是新型冠状病毒肺炎一定有流行病学的接触史，接触过新型冠状病毒肺炎的患者，同时需要结合血常规、胸部CT的表现。
做新型冠状病毒核酸检测可以确诊，如果核酸检测阳性为新冠肺炎，流感的患者做新型冠状病毒的核酸检测是阴性的。