骨结核主要是骨骼被感染，一般见于胸腰椎、髋关节或者膝关节，也有可能于多个部位产生感染，不同部位的骨结核治疗的方法也不同。
一般来说，如果是脊柱结核，那么首先应该做一个脊柱磁共振检查，判断脊柱结核有没有明显的冷脓肿。如果没有，就可以考虑使用抗结核药物治疗。如果有冷脓肿，就需要考虑手术治疗，不过手术之前也需要进行至少两周的抗结核治疗。
如果是关节结核，则可以考虑通过抗结核治疗，必要时也可以通过关节镜的清理，同时也可以使用抗结核的药物，如利福平、异烟肼、乙胺丁醇、比嗪酰胺等进行治疗。