导致肠间脓肿形成原因主要是腹腔内有化脓性感染，主要为化脓性腹膜炎，临床上常见的原因有以下几种：
第一，消化道穿孔，包括胃穿孔、十二指肠球部穿孔、急性阑尾穿孔、小肠憩室穿孔、胆囊穿孔等，消化道穿孔会导致肠道内容物渗出到腹腔，引起腹腔广泛的感染，导致腹膜炎而引发肠间脓肿。
第二，腹部闭合性损伤，外伤损伤腹腔内空腔脏器时，也会引发腹膜炎而致肠间脓肿。
第三，女性患者子宫穿孔也会导致腹膜炎而致肠间脓肿。
另外，急性坏死性胰腺炎、肝脓肿破裂等，等也会导致肠间脓肿。