男性生殖系结核的鉴别诊断主要有:
一、前列腺结核与非特异性前列腺炎及前列腺癌鉴别。慢性前列腺炎病人症状一般较为明显，有结节形成者，范围较局限，常有压痛，经抗感染治疗后，结节可缩小甚至消失。前列腺癌发病多为老年人，影像学检查其前列腺特异性抗原测定有助于诊断，也可行磁共振检查，必要时需做前列腺穿刺活组织检查。
二、附睾结核需与非特异性慢性附睾炎鉴别。附睾结核肿块常不规则，病程缓慢，常可触及串珠样、粗硬的输精管，如附睾病变与皮肤粘连或形成阴囊皮肤窦道，附睾结核诊断不太困难。非特异性慢性附睾炎很少形成局限性硬结，一般以阴囊皮肤无粘连，常有急性严重发作史或伴有慢性前列腺炎。
三、附睾结核还需要与睾丸肿瘤鉴别。睾丸肿瘤表现常常有睾丸肿大，疼痛等，可以行超声鉴别。谢谢!