由于肛门局部的神经分布非常丰富，局部组织也比较敏感，所以肛瘘手术还是会产生一定的疼痛。
但大多都能够忍受，肛瘘手术中由于需要行麻醉，所以患者不会有任何的疼痛感觉，术后麻醉药物逐渐失效，切口可能会出现疼痛症状，但大多都不是很剧烈。
疼痛和手术方式也有很大的关系，如果单纯行肛瘘切开术疼痛感觉要轻微的多，如果患者是高位肛瘘行挂线术，由于橡皮筋的持续收缩切割会造成相对比较剧烈的疼痛，但大多都能够忍受，如果疼痛实在剧烈，严重影响患者睡眠时也可以采取止痛治疗。