导致儿童自闭症的根本原因是机体受到外界环境的不良刺激导致中枢神经系统异常，其可能原因有遗传、脑部损伤、怀孕时病毒感染、代谢疾病等。
1.遗传。约20%的儿童自闭症患儿有智力低下、语言功能发育迟缓等家族病史。
2.脑部损伤。母亲怀孕期间有窘迫性流产、早产或难产导致新生儿脑部损伤，以及婴儿感染脑膜炎等因素导致的脑部损伤，均有可能导致自闭症。
3.怀孕时病毒感染。母亲怀孕期间可能被麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎儿脑部发育受损而导致自闭症。
4.代谢性疾病。若儿童患有苯丙酮尿症等先天代谢性疾病，会影响中枢神经系统递质传递，造成自闭症。