小儿扁桃体炎有可能是病毒感染，也有可能是细菌感染。一般情况下，扁桃体炎在没有发生化脓性感染的时候，以病毒感染为主，如果患儿属于化脓性扁桃体炎多数是细菌感染为主。
两者的区别从症状上不是很明显，大致表现相同，只能是通过全血常规化验结果上进行区别。如果是病毒感染，结果显示淋巴细胞增高，细菌感染显示白细胞和中性粒细胞增高。
如果是病毒感染所致，建议应用小儿抗病毒口服液或者利巴韦林颗粒等。如果是细菌感染所致，建议应用阿莫西林颗粒或者头孢克肟颗粒等。