非毒性的甲状腺肿，可以分为非毒性弥漫性甲状腺肿和非毒性结节性甲状腺肿，病因其实并不明确，主要考虑几个原因：
第一，碘缺乏，在我国缺碘的一些地区，由于甲状腺不能合成足够的甲状腺激素，反馈的引起垂体TSH的分泌，增加血中TSH升高，可以刺激甲状腺增生肥大。
第二，致甲状腺肿物质的一个过多摄入，饮食中卷心菜、黄豆、白菜、萝卜族、坚果等这些食物都可能会引起甲状腺肿大。
第三、家族性的一些疾病，酶的遗传性缺乏，会造成甲状腺激素合成障碍，也可以使甲状腺激素合成困难引起甲状腺肿。结节性甲状腺肿多见于女性，而且这个疾病常常在青春期和妊娠期发病，病因的机制其实还并不十分明确。