对于生殖器疱疹的治疗，要注意预防局部皮肤发生感染，以及采取抗病毒提高免疫力的治疗方案。
预防局部皮肤发生感染，平时应该尽量的避免沾水。可以每天2~3次，使用碘伏局部消毒。可以进行红蓝光照射治疗来杀菌消毒，以促进炎症的消退。红蓝光一般一天1~2次，连续使用一周左右。
抗病毒药可以选择口服的，比如盐酸泛昔洛韦、伐昔洛韦等药物。可以选择配合静脉点滴抗病毒药物，比如阿昔洛韦、更昔洛韦注射液或者是磷甲酸钠注射液等。
如果患者的糜烂面比较大，可以将抗菌素口服药加上，比如头孢类或者是阿莫西林。在发病期间需要注意休息，加强生殖器部位的清洁。