胃肠功能紊乱多长时间才能恢复，和患者的体质、治疗方式有关。
胃肠功能紊乱临床上也叫做胃肠神经官能症，患者可到医院进行检查，排除气质性疾病前提下，主要考虑是由于自身免疫力较差、身体素质低下，还有胃肠道菌群紊乱等情况有关。此种疾病病情较长，治愈后容易反复发作，所以临床上也把此病成为难以治愈的疾病。每个患者身体的情况不一样，病情也不同，所以病程的长短不一。
如果患者病情较轻，通过注意饮食补充益生菌，调整肠道菌群，短时间内症状即可改善。但是，体质较差的患者病情较重，通过长期治疗也不能够完全治愈，而且复发的几率也较高。