巧克力囊肿复发早期没有症状，随着复发病程的进展，可出现腹胀、腹部肿块、腹腔积液及其它消化道症状，部分患者可伴有消瘦、贫血等恶病质表现。
巧克力囊肿复发早期多无症状，所以早期的巧克力囊肿复发几乎不能通过特异性症状或体征发现，只能通过定期有效的术后复查随诊才能及时发现，但部分患者由于末能按照时间定期进行复查，当出现身体不适时就诊，此时多已为复发晚期，治疗相对困难。
对于巧克力囊肿术后的患者，应在医生指导下进行定期复查及随诊，以便于早期发现巧克力囊肿复发情况，尽早处理，以期获得更好的预后。