肺活检能够查出肺结核。在临床上有些肺结核的患者痰抗酸染色可以出现阴性的结果，此类肺结核，叫做菌阴肺结核。
对于菌阴肺结核的诊断相对比较困难，通常需要做支气管镜等相关的检查来辅助诊断，甚至需要做支气管镜肺活检或者经皮穿刺肺活检送检病理学的检查。
肺结核的患者在病理学上往往会表现为肉芽肿性的改变，此外也可以通过组织的结核DNA检测进一步的辅助诊断。但是也应该指出，其他一些疾病有时在肺活检病理上与肺结核的表现很相似，比如真菌感染，异物性肉芽肿甚至有些肿瘤性的疾病等。