真菌性鼻窦炎在治疗之后有可能出现复发。
一方面，真菌感染通常比较顽固，无论患者是通过药物或者是手术的方式来治疗，如果在治疗的过程中没有完全清除真菌感染，之后就还有可能会出现复发的情况。
另外一方面，即便是在治疗的过程中完全清除了鼻窦腔内的真菌感染，但患者日常的生活或环境中仍然存在大量的真菌，或者是有经常用手抠鼻子等习惯，导致手部感染的真菌等致病菌再次进入到鼻窦腔内，就还有可能会引发真菌性鼻窦炎复发的现象发生。