过度通气综合征的危害众多，过度通气综合征发作时，可以影响患者的各个器官的功能。例如对呼吸系统的影响，患者自我感觉呼吸困难、呼吸频快，而且部分患者还有窒息的感觉。此时因过度的通气，可以导致二氧化碳呼出过多形成呼吸性碱中毒。
有时还可出现神经系统的临床症状和危害，例如晕倒、四肢的麻木感觉异常，甚至是抽搐的发生，有可能会因此发生意外。
部分患者还可以出现循环系统的表现，例如心前区疼痛、心悸、四肢冰冷等。反复发作过度通气综合征可以导致患者出现焦虑、抑郁的状态。部分患者还可以出现心理障碍，从而影响其工作和生活的质量等。