导致口腔上腭干疼的原因不同，治疗方法也就不同。如果是因为进食了很硬或者过烫的食物，导致口腔上腭黏膜被损伤，出现的疼痛，可以局部涂抹烫伤药膏，或者用复方氯己定漱口液漱口，来达到消炎止痛、促进伤口愈合的作用。
如果是因为口腔上腭有溃疡导致的疼痛，可以使用口腔溃疡散、地塞米松贴片或者西瓜霜喷剂缓解疼痛。
如果患有真菌性口炎也会导致上腭干疼，可以用弱酸性的漱口液进行漱口来抑制真菌生长，比如碳酸氢钠溶液。如果口腔上腭干疼比较严重，用药后没有得到缓解，就需要到医院进行相关的检查和治疗。