淋球菌性肛门直肠炎的治疗方法有三种：
第一，要给予全身使用抗炎的药物，具体的用药方式要根据患者的病情而定。如果患者症状较轻，可以口服抗菌的药物治疗。如果患者的症状比较明显，需要通过静脉给予抗生素。
第二，局部给予抗生素治疗，可以选择有抗生素的栓剂或者是药膏。将药物挤入到肛门内，能够在局部更好的发挥抗菌的作用。
第三，在抗炎治疗的同时，要注意饮食治疗。患者要清淡饮食，不能进食辛辣等刺激性的食物，否则直肠炎不容易控制。