消化系统畸形的治疗，需要根据畸形的程度和位置来进行判断。婴儿先天性消化系统畸形，通过口服药物治疗效果不佳，只能控制症状不能达到治愈的目的，如果要治愈需要通过外科行手术治疗。根据不同类型大致有分为：
第一，单纯重复畸形切除术，适用于食管不相通，又没粘连的食管畸形。
第二，重复肠管和附着的正常肠管切除术，适用于大多数小肠和结肠的重复畸形，以及一些胃部重复畸形。
第三，开窗式内部引流，适用于十二指肠反复畸形，把重复畸形和邻近的十二指肠壁部分切除，使两者相互连通。
由于消化系统畸形的种类很多，所以需要根据实际病情，来选择治疗的方法。