亚急性甲状腺炎不治疗也不会出现严重的后果，因为亚急性甲状腺炎这种疾病呈自限性，也就是不治疗也会好。很多程度比较轻的患者并不需要治疗，甚至有些症状不典型可以自愈。
一般亚急性甲状腺炎严重的情况下，可以给予相应的药物治疗，但是通常都是给予对症治疗。例如给予止疼药物或者是给予激素治疗，给予激素治疗也是针对患者的疼痛症状进行治疗，所以亚急性甲状腺炎不治疗也不会出现严重的后果。
有极少数的亚急性甲状腺炎的患者，最后会遗留永久性的甲减，如果出现了永久性的甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗，因为有可能会出现低代谢的症状和体征，还有可能会引起高胆固醇血症。