巧克力囊肿一般需要去做B超检查，结合临床病史进行分析，并且还需要结合内分泌的检查确定。也可以抽血检查CA125，腹腔镜检查是确定巧克力囊肿的主要方法，并且可以通过检查确定巧克力囊肿病变的性质，还可以通过腹腔镜治疗。
巧克力囊肿一般建议选择腹腔镜手术，如果还有生育要求时需要保留生育功能，在术后要尽早怀孕，并且使用药物治疗防止复发。
如果已经没有生育要求可以切除子宫以及盆腔内病灶，保留一侧的卵巢，这样可以减少术后复发，术后需要定期复查。