新生儿胆红素脑病不是先天性疾病，是由于生后血液中游离胆红素增高引起来的中枢神经系统病变。
由于血液中游离状态的胆红素浓度增高，超过了机体的处理能力，游离胆红素通过血脑屏障进入中枢神经系统引起神经系统的病变，造成脑神经不可逆的损伤，有可能会出现智力低下、听力损伤。
新生儿溶血是胆红素脑病的最常见病因。由于母子血型不合，在第二次怀孕的时候抗体通过胎盘进入胎儿体内发生溶血，由于红细胞破坏增多，血色素代谢生成未结合胆红素，血液中游离胆红素浓度急剧增高，超过了机体的处理能力，引起核黄疸。