食道间质瘤良性症状表现为吞咽困难、胸骨后疼痛，也可能会出现反复的打嗝。
患者出现反复打嗝，与病变部位在食管的下端有一定的关系。病变部位在食管下端时，食管的黏膜以及膈肌会受到刺激，胸骨后疼痛的症状在进食后会有所加重，与患者的食管黏膜病变有一定的关系。同时也可能会出现呕血、便血以及头晕、四肢冰凉、烦躁不安等症状。
如果出血量较多时，还可能会导致患者出现失血性休克等临床表现。如果该疾病出现恶变，并且转移到肺部组织时，还可能会导致患者出现呼吸困难。