食道间质瘤良性是否严重，与肿瘤的大小、肿瘤的部位以及疾病的临床表现有一定的关系。
如果食道间质性肿瘤发生的部位，在食管的下端，有引起食管的堵塞，有引起吞咽困难时，说明疾病较为严重。尤其是肿瘤较大，导致患者完全出现吞咽障碍，此时需要立即给予手术治疗，并且将肿瘤切除或者做食管部分切除。
虽然该疾病的性质属于良性肿瘤，但是有可能会发生恶变，因此也需要明确疾病诊断后，需要立即给予手术治疗。手术后要有良好的心态以及良好的生活习惯。