肛裂会导致肛门溃疡。肛裂本身的裂口如果反复受刺激，或者感染导致裂口长时间不愈合，裂口局部就会形成慢性溃疡，从而导致肛门溃疡。
裂口形成溃疡后会刺激裂口周围组织，导致纤维增生，还会引发肛乳头肥大以及哨兵痔。对于局部感染症状轻微的肛裂导致的肛门溃疡，可以外用抗生素类软膏，例如红霉素软膏，配合高锰酸钾溶液坐浴以及扩肛等治疗方法，促使肛门溃疡愈合。
而对于局部感染症状比较严重的肛裂导致的肛门溃疡，在控制局部感染症状后，可能需要行手术治疗，才能使溃疡创面愈合。