乙状窦血栓性静脉炎可能引发的疾病后遗症，在治疗前和治疗后有所不同。
首先，在治疗前，乙状窦内的血栓有可能向下端、静脉、海绵窦等部位扩展，导致上述部位出现炎症感染的情况。如果血栓出现了脱落，还有可能会随着血流向全身的其它器官弥漫，导致远端器官的化脓性及感染性疾病出现，甚至引发脓毒血症等全身性的疾病。
而疾病在治疗之后，尤其是手术治疗后，如果乳突中的病灶没有完全的清除，还有可能会造成手术后侧颈部等部位的严重疼痛感出现。