慢性结肠炎是由于各种病原体感染以及各种因素所引起的；
1.患有细菌性肠炎的患者大多由于大肠杆菌，沙门氏菌，空肠弯曲杆菌等细菌所引起的病情，其中以痢疾杆菌最为常见；
2.病毒性肠炎常见于各种病毒所引起的肠炎，其中轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要的原因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因；
3.真菌性肠炎大多是由于组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白色念珠菌等引起的肠炎，其中以白色念珠菌引起的最多见。
4.寄生虫性肠炎可以由弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎，尤其以阿米巴比较为常见。
5.药物所引起的肠炎，尤其滥用抗生素，可以引起肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎；
6.饮食不洁或饮食不当所引起的肠炎，在病人吃了某些污染或腐败变质食物、刺激性化学物质、某些重金属中毒，以及某些变态反应等都能引起肠炎的发生。