耐药肺结核治疗时间的长短，要视治疗的效果和病情来定。通常对于由耐药结核杆菌感染引起的肺结核，其治疗难度是明显地增大，而且其总疗程也明显地延长，通常至少需要18周的时间来抗结核治疗，此时其强化期通常在6~8个月左右。
此时，要根据其药敏试验选择敏感的抗结核药物治疗，多需要联合二线的抗结核药物规范、足疗程治疗，才能使耐药肺结核更好地痊愈，避免病情的反复或是产生相应的并发症。
对于部分泛耐药的肺结核其治疗时间也会明显地延长，患者有可能需要2年，甚至更长的时间才能使其病情得以控制和痊愈。故当发生耐药的肺结核时，一定要予以足疗程的、敏感的药物抗结核治疗。