幽门螺旋杆菌的感染主要是采用口服药物治疗。对于幽门螺旋杆菌的感染和其他的病原菌不同，不能够单纯使用一种药物，而是需要四联疗法治疗。
其中，包括一种质子泵抑制剂，例如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等。两种抗生素药物，例如阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星、呋喃唑酮等，需要选择其中的两种抗生素药物，尽量能够选用敏感的抗生素药物治疗。
一种铋剂，主要是起到保护胃黏膜的作用，例如胶体果胶铋、枸橼酸铋钾等。而且要坚持服用2周，等停药后需要复查呼气试验，观察幽门螺旋杆菌是否被清除。