结核性肠炎主要是抗结核治疗和对症治疗。
结核性肠炎，首先是要积极进行抗结核治疗。主要是口服利福平、异烟肼等抗结核药物，而且对于结核性疾病的治疗，一定要注意早期、足量、正规、足疗程用药，一般需要用药18个月左右。治疗期间需要定期到医院复查，主要是复查肝肾功能。
其次，还需要针对结核性肠炎的症状进行治疗。结核性肠炎可能会出现腹泻，如果腹泻严重时，需要口服止泻收敛的药物，例如蒙脱石散。结核性肠炎患者需要注意改善饮食，避免吃不容易消化的食物，要注意加强营养。
另外，需要排除肠外是否有结核的存在，比如要做胸部CT等相关检查，排除肺内结核。