肛门狭窄有天生的，也有后天因各种原因所导致的。而在临床上大多数的肛门狭窄患者都是由于后天各种原因所形成的。
先天性的肛门狭窄是属于先天性肛门直肠畸形的一种，是先天发育异常所导致的。患者出生后就会有肛门狭窄的症状。
而后天性的肛门狭窄形成的原因主要有以下几个：
第一，医源性的损伤。例如环状混合痔手术时切除过多的肛门周围皮肤，不合理使用电刀、激光等等治疗，是最主要的形成原因。
第二，炎症。例如肛瘘、溃疡、梅毒等等，侵犯肛管和肛门时也会导致肛门狭窄。
第三，肿瘤。肛门部以及肛管部位的肿瘤也可以引起肛门狭窄。