治疗小儿厌食症需首先明确病因，然后根据具体病因选择相应的治疗方法，一般病因不同，治疗方法不同。
如为积食、受凉等消化不良性疾病所致的厌食症。治疗以健脾和胃、消食导滞为主，可选择中医推拿、按摩、艾灸相关穴位或口服中成药物治疗。
如为消化系统感染性疾病所致的厌食症。以对症抗菌消炎、抗病毒治疗为主，辅以肠道微生态治疗。
如为神经性厌食症，以心理治疗为主，结合行为调养及营养康复。必要时可根据患儿实际情况，在专业医生指导下，应用抗抑郁或抗焦虑等精神类药物治疗。