电子直肠镜的检查痛苦非常小，由于电子直肠镜的检查，仅仅检查距肛缘大约5到6公分左右的直肠下段以及肛管，所以一般不会伴有腹胀、腹痛等症状，有些仅仅表现为肛门部的不适感。
电子直肠镜在临床上也比较常用，可以检查肛管周围的一些疾病，比如痔疮、肛裂、肛瘘以及直肠下段的疾病，比如直肠的肿瘤、息肉等等。
但是，对于一些慢性的或者陈旧性肛裂的患者，一般避免型电子直肠镜检查，因为检查的过程中，有可能会刺激患者肛裂局部的内括约肌产生痉挛，而导致剧烈的疼痛。