大脑皮层发育不良可能与遗传因素或环境因素有关。
如果患者的家族当中存在癫痫病史，会影响到皮质层发育，就可导致大脑皮层发育不良。因此存在癫痫病的患者，应当合理的应用抗癫痫的药物，避免癫痫反复发作，防止对大脑发育造成影响。
大脑皮层发育不良，还有可能与环境因素有关，比如女性在怀孕期间，如果接触了一些有毒物质或者没有合理使用药物，会影响到大脑皮层发育，就会导致大脑皮层发育不良，严重时会对婴幼儿的智力造成影响。因此，在怀孕期间一定要加强各方面护理。