卵巢生理性囊肿大多数见于月经的后半期，尤其是女性在排卵之后形成的卵巢黄体囊肿。
卵巢生理性囊肿大多数会自行地缩小或者消失，如果在超声检查的时候发现卵巢有一个单纯囊肿。如果怀疑他是生理性囊肿，可以暂时不进行处理，建议在一个月或者三个月之后，等到月经刚刚结束的时候进行超声复查。因为在这个时期是不应该发生卵巢的生理性囊肿的，所以如果在月经后进行复查，囊肿缩小或者消失了就说明这是卵巢的生理性囊肿。
卵巢生理性囊肿大多数不需要处理，有时生理性的囊肿也可能会长到5cm以上，这种情况是需要定期随访观察的。如果卵巢囊肿持续不能消退，就可以排除生理性囊肿，有时需要进行手术治疗。