生理性卵巢囊肿会随着周期性而不断发生变化，其不属于疾病范围，属于症状。若已确诊为生理性卵巢囊肿，一般情况下只需定期复检，观察囊肿情况即可，无需进行特殊治疗。
若女性确诊为肿瘤性囊肿，如病理性囊肿，不考虑是否属于良性或恶性囊肿，需立即考虑手术切除治疗，切除治疗后需注意术后护理，防止引起其他并发症疾病。
治疗卵巢囊肿，需早发现、早诊断、早治疗，为提前预防多种妇科疾病，女性需养成定期进行妇科检查的习惯。