肚脐两侧疼可能是由于肠道疾病，急性肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病等，会造成肠道发生痉挛诱发肚脐两边发生疼痛感觉，一般会伴随大便次数增多，排黏液的脓血便等。
肠道恶性肿瘤也可导致上述症状，特别是肿瘤增大的时候，会对肠道周围的组织神经造成压迫，成为引发疼痛感的原因。
另外，输尿管炎、急性膀胱炎也会造成输尿管壁、膀胱局部组织引起炎症反应，也可导致肚子两侧发生疼痛感觉。饮食不注意卫生，经常喝生水，有可能会造成蛔虫病，也可出现肚子两侧疼痛的情况。