如果卵巢囊肿是良性的，治疗后三个月就可以怀孕了。一般单纯的卵巢囊肿手术后不影响怀孕。治疗后一月复查盆腔彩超检查卵巢囊肿已经消失，肿瘤标志物正常就可以备孕。
备孕期间需要提前三个月口服叶酸片，以预防胎儿神经管畸形。如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，术后复发率比较高，术后复查无异常，建议尽早怀孕。部分患者术后复发率比较高，需要使用促性腺激素释放激素激动剂三到六针，再怀孕。
如果卵巢囊肿有恶性的倾向，手术后要尽早的怀孕，为了避免以后肿瘤恶变，产后还需要切除另一侧卵巢。