肛瘘手术后一般不会引起大便失禁。
肛门括约肌是由外括约肌、提肛肌和内括肌组成。肛门外括肌，又可分为皮下层、浅层和深层。在做肛瘘手术后，即使是切断了肛门括约肌的皮下层和浅层，也不会引起大便失禁。如果在手术过程中切断了肛提肌的耻骨直肠肌、内括约肌，这种情况下就会导致肛门出现松弛，不能自主控制大便而出现大便失禁。如果是属于复杂性的高位肛瘘，需要切除肛提肌才能够清除病灶，才可以彻底治愈肛瘘。
目前临床采取的中医挂线疗法，是较为完善的一种手术方式。