肛裂的治疗主要以外用药为主，肛裂处可以用痔疮膏，如马应龙麝香痔疮膏，痔疮栓，如太宁栓，这些药物具有清热燥湿、消肿止痛、止血的作用。
如果有内括约肌痉挛，可外用硝酸甘油软膏 ，缓解内括约肌痉挛，减轻疼痛。还要进行肛门熏洗坐浴，药物选用具有消炎作用的高锰酸钾，与水的比例配成1：5000，浓度过高容易灼伤皮肤。
坐浴药，还可以选用中草药。伴有便秘者可以应用缓泻剂，常用的药物有乳果糖、麻仁丸。