全植物神经功能不全的病因目前并不是很明确，多考虑可能与人体的免疫异常反应或病毒感染有关。
当人体出现过敏反应时，可能会导致免疫系统紊乱，当免疫反应影响到神经组织时，可能会诱发全植物神经功能不全。通过医学调查研究发现，该病患者的脑脊液与血液中，可发现明显升高的病毒抗体，因此，考虑病毒感染可能是诱发该病的危险因素之一。
因此，人们应注意加强日常锻炼，尤其是体质比较差的人，应通过合理膳食，增加运动来提高抵抗力，防止该病发生。容易过敏的人，应远离过敏原，不慎产生过敏反应的，应及时治疗，防止诱发该病。