化脓性扁桃体炎不能自愈。当细菌感染扁桃体可引起局部黏膜的化脓性病变，此种扁桃体的感染性病变不能自愈。患者多需要早期使用消炎药物治疗，例如根据病情的轻重予以口服或静脉点滴消炎药物来控制局部的炎症，避免其病情的加重而影响其预后。
如果化脓性扁桃体炎未及时、有效地治疗，其扁桃体感染的程度会进一步地加重和蔓延，甚至形成相应的并发症。例如扁桃体周围脓肿、咽后脓肿，甚至形成急性化脓性中耳炎或下呼吸道的细菌感染等。
故化脓性扁桃体炎没有自限性、不能等待其自愈，积极地采取抗感染对症的治疗来治愈疾病。