食管癌的病理类型绝大多数属于鳞状细胞癌，所以大多数食管鳞癌的肿瘤标志物需要检查鳞状细胞癌抗原。
有一部分食管鳞癌的病人会出现鳞状细胞癌抗原明显增高的情况。在经过手术、放疗、化疗等抗癌的治疗之后，鳞状细胞癌抗原可以下降到正常。在癌症复发或进展的时候，鳞状细胞癌抗原可以再次地升高。而少部分的食管腺癌的病人可以出现癌胚抗原、糖类抗原199增高的情况。
对这些肿瘤标志物的动态监测同样能够反映食管腺癌治疗后的疗效，并且评估病人的预后。