原发性肝癌和继发性肝癌的主要区别是来源不同，原发性肝癌是来源于肝脏的恶性肿瘤，而继发性肝癌是其它部位恶性肿瘤转移而来的，常见的有肺癌、肠癌、乳腺癌等。
原发性肝癌早期多是单个病灶，手术切除是其主要手段，且预后良好，当然随着病情进展，也有肝内转移的可能。而继发性肝癌多表现为肝脏多发病灶。
原发性和继发性肝癌的治疗手段也有区别，原发性肝癌早期中期以手术治疗为主，而继发性肝癌则意味着癌症已是晚期，以全身治疗手段为主，治疗方案的选择根据来源部位不同而有区别。