吃药治疗卵巢囊肿对身体伤害大不大，需要看具体使用的什么药物、有没有必要使用药物。
如果是病理性的囊肿，一般吃药的作用不大，吃药时间长药物还对身体有伤害，比如引起肝肾功能损害、引起胃肠道反应等。
如果是黄体囊肿或者是滤泡囊肿，可以口服避孕药三个月治疗，囊肿有可能消失。
如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，一般建议继续使用药物来预防异位囊肿复发。虽然药物对身体有伤害，但是医生是在权衡利弊的情况下才建议吃药的，如果不吃药，短期复发，对身体伤害更大。出现卵巢囊肿，千万不能自行用药，一定要在医生的指导下用药。